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A história se passa em uma época em que o mundo está em completo desespero depois de ter sido devastado por um veneno chamado "Shinobi", que veio à Terra através de um asteróide. As pessoas fogem ao lugar chamado "Kairiku", um lugar que costumava ser o fundo do oceano. Aqui, as pessoas tentam se proteger contra os efeitos do veneno. Num mundo assim, não havia uma única luz de esperança. A "Arma Sagrada Giga Road" e o guerreiro lendário "Yagyuu" são agora necessários para combater os efeitos do veneno. Para salvar o mundo, Ame, uma princesa de uma nação caída, ergue-se, a fim de salvar o mundo.
Lacus Clyne se torna presidente de uma organização de monitoramento da paz, mas as coisas não são bem o que parecem.
Metrópolis é uma grande cidade do futuro, onde convivem homens e robôs. A civilização atingiu um outro estágio e as sociedades estão absolutamente segmentadas. É neste cenário que o detetive Syunsaku Ban e seu parceiro Kenichi procuram pelo Dr. Laughton. A dupla quer não só prender o cientista, como também se apoderar de Tima, a jovem robô criada por ele.
Tokyo-3 permanece em pé após a maior parte da civilização ter sido dizimada no Segundo Impacto. Agora, a cidade sofre o ataque incessante dos estranhos e mortais Anjos, criaturas bizarras empenhadas em exterminar a raça humana. Para combater esse cruel inimigo, a agência governamental NERV constrói uma frota de máquinas humanóides (os EVAs) e Shinji Ikari é chamado para entrar em ação! Vivendo uma vida de solidão e questionando sua própria existência, Shinji se esforça para aceitar a responsabilidade para a batalha pela sobrevivência da humanidade.
Appleseed se passa num mundo que acabou de sofrer uma guerra não-nuclear, porém esta guerra foi tão longa, que ainda existem soldados pelo mundo que não sabem do fim dela. Um desses soldados é Deunan Knute, a protagonista do filme. No inicio do filme, ela está se defendendo de outros soldados quando um terceiro grupo entra e a captura. Esse grupo pertence a cidade, chamada Olympus que sobreviveu a guerra. A cidade é controlada por um super-computador, Gaia, regido por sete anciões, The Seven Wisest Men. Metade da população da cidade é Bioroid, um tipo de clone, criados para que a sociedade fique mais estável.
Filme dividido em duas partes (Morte e Renascimento). Os eventos de "Renascimento" ocorrem 17 horas depois do final do Episódio 24. Tanto este filme, como o próximo (O Fim de Evangelion), caracterizam o "final alternativo" de Neon Genesis Evangelion. Os episódios 25 e 26, portanto, NÃO fazem parte deste enredo, onde a primeira parte é uma reedição dos primeiros 24 episódios do anime. A segunda parte consiste em uma nova animação e história que segue após o Episódio 24.
Um final alternativo para a série de anime "Neon Genesis Evangelion". Em The End of Evangelion, A SEELE ordena um ataque à NERV para destruir os EVAs antes que Gendo consiga provocar o Terceiro Impacto e a união das almas humanas.
O filme é uma recapitulação de metade da saga do anime, com novos trechos e nova animação.