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As Tartarugas Ninja estão procurando um novo lugar para morar nos esgotos de Nova York, quando encontram integrantes do clã Foot, liderado por Destruidor. É quando eles descobrem o Ooze, a substância que transformou as próprias Tartarugas Ninja. O Destruidor usa este material para criar dois novos capangas, Tokka e Rahzar, e os envia para provocar destruições na cidade. Com a ajuda da jornalista April O'Neill, do professor Jordan Perry e do entregador de pizza Keno, as Tartarugas Ninja precisam detê-los.
Depois de ser atacada por trombadinhas, a repórter April O'Neil é salva por tartarugas mutantes, que passaram a se dedicar a combater o crime desde que foram contaminadas por uma substância radioativa nos esgotos de Nova York e se tornarem guerreiros após serem treinados pelo mestre Splinter.
Um cetro mágico comprado pela jornalista April O'Neill acidentalmente a transporta a para o Japão do século XVII. As Tartarugas Ninja também viajam no tempo no intuito de salvá-la, mas Michelangelo se perde do grupo. Para reencontrá-lo e salvar April, Donatello, Raphael e Leonardo precisam ajudar uma vila a enfrentar o malvado Lorde Norinaga.
Quando sua esposa grávida é assassinada, o professor de artes marciais Casey (Scott Adkins) vai fazer de tudo para descobrir quem cometeu esse crime. Ao descobrir uma outra morte, nas mesmas cricunstâncias de sua mulher, ele decide seguir essa pista. Obcecado e cheio de ódio, ele não vai descansar até conseguir se vingar.